ההפטרה היא קטע קצר מתוך אחד מספרי הנביאים שאותו קוראים בבית הכנסת לאחר קריאת התורה בשבתות ובמועדים. המקור לקריאה בנביא אינו ידוע אולם הוא קדום למדי, שכן המנהג מופיע כבר במשנה. הפרשן דוד בן יוסף אבודרהם, מהמאה ה-14, מביא בפירושו לתפילות שבת כי מקור המנהג הוא בגזרות היוונים אשר אסרו על הקריאה והלימוד בתורה. האיסור היה רק על הקריאה בחמשת חומשי תורה ולא על ספרות הנבואה, ולכן הוחלפה קריאת התורה בקריאה בנביא. מכאן גם מגיעה המילה "הפטרה" – קריאת ההפטרה פוטרת את הקורא מקריאה בתורה. האבודרהם מביא עוד שני פירושים. הראשון בשם רבנו תם (מהמאה ה-12), שההפטרה היא מלשון פטר, שמשמעותו פתיחה. כלומר, הסתיימה קריאת התורה ומעתה, בקריאת ההפטרה, מותר לדבר, "והוא מלשון יפטירו בשפה". ופירוש שני שמשמעותה של המילה "הפטרה" היא כשל הביטוי "אין מפטירין אחר הפסח אפיקומן", כלומר סיום וסילוק, ובמקרה הזה – סיומה של של תפילת שחרית, שההפטרה מהווה את סיומה, לקראת תפילת מוסף.
גם לאחר שבטלה הגזרה וחזרו לקרוא בתורה נמשך המנהג לקרוא בנביא. מאחר שעיקר הקריאה הוא בספרי התורה, שהם במעמד גבוה יותר, כדי שלא לבייש את העולה לקריאה בנביא, תיקנו לקרוא גם בעלייה זו כמה פסוקים מהתורה, והם נקראים "מפטיר". עלייה זו של מפטיר, שבאה לאחר שבע העליות שהן חובת קריאת התורה, הייתה בעבר עלייה פחותה בחשיבותה, אולם בימינו היא נתפסת כמכובדת ומכבדים בה אורח חשוב, את הרב, או את נער בר המצווה.
בעבר, כל קהילה בחרה איזו הפטרה לקרוא, ובלבד שתוכן ההפטרה יהיה קשור בקשר כלשהו לפרשת השבוע. עם זאת, הפטרות המועדים מופיעות כבר בגמרא. חשוב לזכור שגם קריאת התורה עצמה והחלוקה לפרשות או לסדרים לא הייתה מקובעת והיו הבדלים בין הקהילות השונות ובפרט בין מנהגי ארץ ישראל – שם קריאת התורה התבצעה לפי סדרים, קטעים הקצרים בהרבה מהפרשות, ונמשכה למעלה משלוש שנים – למנהגי בבל, שבה קראו את התורה לפי פרשות וסיימו אותה בכל שנה בשמחת תורה, כפי שאנו נוהגים כיום. עם השנים המנהגים הלכו והתאחדו וכמעט התקבעו סופית כאשר סידורי התפילה והחומשים הודפסו ונפוצו במהירות בעותקים מרובים. עדיין קיימים מספר הבדלים בקריאת ההפטרות בין העדות השונות. לעיתים תוספת של פסוקים בודדים או פרקים שלמים, ולעיתים נדירות יותר הפטרות שונות לחלוטין. יש גם מנהגים מיוחדים לבני תימן ולקהילות איטליה, ולחסידויות מסוימות. לרוב נביא את המנהגים המקובלים לקהילות אשכנז וספרד, ובמקרים אחדים נביא גם את מנהג תימן, או שנציין מנהגים נוספים בלי להביא פירוש מלא להפטרות אלו.
בחגים ובמועדים נבחרו הפטרות הקשורות ליום המועד עצמו, וכן ישנן מספר שבתות מיוחדות בשנה שבהן קוראים הפטרות אחרות שאינן קשורות ישירות לפרשת השבוע. שבתות אלו הן שבת שחל בה ראש חודש או שבת שחלה יום לפני ראש חודש, השבתות המיוחדות בחודש אדר (שקלים, זכור, פרה, החודש), השבתות שלפני תשעה באב שבהן קוראים פרקי פורענות והפטרות, השבתות שלאחר תשעה באב המכונות הפטרות הנחמה (אולם גם שם נמצא קשרים לפרשה). בשבתות שבהן קוראים שתי פרשות מחוברות, לרוב קוראים את ההפטרה של הפרשה השנייה מביניהן. שינויים אלו גורמים לכך שיש הפטרות שקריאתן נדירה ביותר.